Géotéca est dirigé par Clélia Bilodeau (MCF) et Paul Passy (MCF) et s’appuie sur un poste d’ingénieur·e d’études en sciences de l'information géographique, un poste d’ingénieur·e de recherches en sciences de l'information géographique et un un poste de technicien·ne en information documentaire. Les décisions concernant la politique scientifique et budgétaire sont prises par consensus par le Comité de Pilotage de Géotéca, dans lequel siège un·e représentant·e de chaque laboratoire partenaire et un·e représentant·e des doctorant·e·s.