Analyse de réseau(x)

Ressources méthodologiques

École d’été Initiation à l’analyse de réseaux 2017

Vous pouvez consultez ci-dessous les bibliographies conseillées par les intervenant.e.s et les supports de cours présentés lors de cette première école d’été organisée par le GDR Analyse de réseaux en SHS et le groupe Res-Hist (Réseaux et histoire) à Nice du 3 au 8 juillet 2017.

• Vocabulaire et notions de base (Laurent Beauguitte). Cette séance, faite sans diaporama, reprend en partie le début du cours disponible à cette adresse.
• Histoires de l’analyse de réseaux (Laurent Beauguitte)
• Mesures et représentations (1/2) (Rosemonde Letricot) : Visualiser un graphe, calculer les indicateurs de base.
• Mesures et représentations (2/2) (Rosemonde Letricot) : Mesures locales et globales
• Des données au réseau (1/3) : données numériques et big data (Laurent Beauguitte). Diaporama (.pdf, 3 Mo), extraits d’articles et exercices (.pdf, 63 ko).
• Des données de réseau (2/3) : sources écrites (Claire Lemercier)
• Des données de réseau (3/3) : enquête sociométrique (Fabien Eloire)
• Les formats de données (Claire Lemercier)
• Les réseaux bipartis (Marion Maisonobe)
• Principes de visualisation (Marion Maisonobe)

Outils

Cytoscape

Cytoscape est un logiciel libre et gratuit d’analyse et de visualisation développé par des biologistes pour de gros jeux de données. Il permet de construire un réseau à partir d’une liste de liens et d’une liste de sommets. La version dite de base peut être augmentée par des “apps” dédiées à certains champs disciplinaires (bioinformatique, analyse des réseaux sociaux, …). La documentation et des tutoriels sont disponibles en ligne (en anglais). Le logiciel est téléchargeable ici

Tutoriel en français réalisé par des étudiants de l’ENSAI en 2017. Tutoriel en français rédigé par Guillaume Brysbaert et Sébastien Plutniak (2018, atelier R et Cytoscape de l’école thématique réseaux et complexité)

Gephi

Gephi est un logiciel libre et gratuit de visualisation des données (il se définit comme le “Photoshop pour graphes”). Il est téléchargeable ici. Les tutoriels de prise en main et la documentation complète sont disponible ici, en anglais. Un tutoriel en français est également disponible, il a été réalisé par deux étudiants de l’ENSAI en 2017.

Bibliothèques de fonctions R

Toute la documentation et les liens de téléchargement pour R se trouvent sur le site web du CRAN (Comprehensive R Archive Network). Vous pouvez aussi télécharger Rstudio, environnement de développement intégré à l’interface graphique dédiée à l’utilisation de R. C’est également libre, gratuit et multi-plateforme.

R – package igraph

igraph : dédié au traitement et à l’analyse de graphe, développé principalement par des physicien.ne.s. Tutoriel en française rédigé par Sébastien Plutniak (2018, atelier R et Cytoscape de l’école thématique réseaux et complexité)

R – package statnet

statnet : dédié au traitement et à l’analyse de graphe, développé principalement par des sociologues et des statisticien.ne.s

R – package tnet

tnet : dépend de la bibliothèque igraph (celle-ci est installée à l’installation de tnet). Permet d’analyser des graphes valués et bipartis.

R – package bipartite

bipartite : dédié aux réseaux bipartis, développé par des écologues. Tutoriel en français rédigé par Camille Brisson et Chloé Migayrou, étudiantes de l’ENSAI en 2017

Liens utiles

• Le groupe fmr (flux, matrices, réseaux)
• Le groupe de recherche analyse de réseau en sciences humaines et sociales GDR ARSHS
• Le groupe Res-Hist (Réseaux et histoire)
• Historical Network Research
• La revue Sociologie